Den seksten år gamle skoleeleven Shinichi Kudo er en av Japans største detektiver ? sin unge alder til tross. Han er Sherlock Holmes-fan og en fryktet forbryterjeger. En dag kommer han på sporet av en stor forbrytelse, og før han vet ordet av det er han blitt forgiftet og forvandlet til et barn igjen. Med kropp som en seksåring og nytt navn, Conan Edogawa, fortsetter han sin kamp mot ondskapen. Denne gang må han hjelpe en ung pike med å finne hennes bortførte far, men i kjølevannet av denne piken følger ikke latter og gledestårer ? bare død og elendighet. Conan blir lokket ut i en dyster historie, som egentlig begynte for mange år siden. Mesterdetektiven Conan er en spennings-/mysterie-manga.