Den seksten år gamle skoleeleven Shinichi Kudo er en av Japans største detektiver ? sin unge alder til tross. Han er Sherlock Holmes-fan og en fryktet forbryterjeger. En dag kommer han på sporet av en stor forbrytelse, og før han vet ordet av det er han blitt forgiftet og forvandlet til et barn igjen. Med kropp som en seksåring og nytt navn, Conan Edogawa, fortsetter han sin kamp mot ondskapen. Denne gang har Conan, Ran og faren hennes fått skyss med et luksusskip. De synes de har vært heldige som får reise sammen med den velstående familien Hatamoto, men gamle herr Hatamoto er ikke like begeistret over å ha andre folk på båten. Dessuten er det ikke til å unngå at stemningen synker litt for hver dag en av Hatamoto-klanen blir funnet død? Mesterdetektiven Conan er en spennings-/mysterie-manga.