Den seksten år gamle skoleeleven Shinichi Kudo er en av Japans største detektiver ? sin unge alder til tross. Han er Sherlock Holmes-fan og en fryktet forbryterjeger. En dag kommer han på sporet av en stor forbrytelse, og før han vet ordet av det er han blitt forgiftet og forvandlet til et barn igjen. Med kropp som en seksåring og nytt navn, Conan Edogawa, fortsetter han sin kamp mot ondskapen. Denne gang må Conan ordne opp med et mørkt museum der en skummel rustning begår mord, et tog fullt av passasjerer og en bombe i lasten, skattejakt med mafiaen i hælene...Mesterdetektiven Conan er en spennings-/mysterie-manga.