Pavens personlige sekretær, Monsignore Colin Michener, er bekymret for den aldrende paven. Klemens XV lukker seg inne i den forbudte delen av Vatikanets arkiver om natten, et område av Vatikanet der bare paven selv har adgang. Dokumentene som befinner seg der er kjent av få, og hvis sannheten om dem slipper ut vil det rokke ved kirkens grunnvoller. Dokumentene handler blant annet om Fátima i Portugal, der jomfru Maria åpenbarte seg for tre barn i 1917. Kardinal Valendrea har stor makt og store ambisjoner, og frykter mer enn noen annen at den tredje hemmeligheten skal bli kjent. Michener får snart merke at han står opp mot mektige motstandere, som ikke viker tilbake for trusler, svik og drap. Og er det tilfeldig at han igjen møter det mest forbudte for en kirkens tjener: kvinnen han har elsket.
